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一、正确处理注释和参考文献的交叉。

注释和参考文献虽然在功用、标引方式等方面有着明显的区别，但二者也有交叉的情况。这是作者在标引注释和参考文献时尤其需要加以注意的。之所以会出现交叉，这主要是因为，除了对学术论文的篇名、作者基本情况和收稿日期以及致谢等的注释之外，其他注释的资料都来自参考文献，即引文注释中所列引文，必然包括在参考文献之中。注释和参考文献的这种交叉情况的出现，使得他们二者之间出现了“互见”关系。在这种情况下，注释和参考文献应同时列出，不能互相代替或省略。

二、注释应讲求“四性”。

即知识的准确性，资料的可靠性，表述的通俗性和数量的适度性。

1.知识的准确性。学术论文所论述的问题，一般都具有较强的专业性特征，在此基础上的注释所要说明和解释的问题，表现出的这一特征比正文更加明显，即要说明的问题一般也比正文更加艰深、具体、详细。它既紧贴论文的内容，又游离于正文内容之外。注释的主要功能既然是解疑释难，那么，注释本身更应讲求知识的科学性和准确性。

2.资料的可靠性。注释在很大程度上还是对所引资料的一种考证、鉴别、比较、纠错工作，因此，必须强调资料的可靠性，尽量采用第一手资料，力求避免转引。

3.表述的通俗性。既然注释是为了解疑释难，因此，在表述上应力求做到通俗易懂。如果对注释的表述比正文还晦涩难懂，那就起不到注释的作用了。虽然学术论文阐述的问题专业性、学术性很强，但作者也应尽量做到通俗易懂，起码不能让同行读不懂。

4.数量的适度性。在一些论文中，常常出现注释过多的现象，应引起写作者的注意。注释过多会冲淡论文的主题，给人一种多余、累赘的感觉，严重影响论文的表达效果。因此，注释在数量上应讲求适度。

三、标注参考文献应实事求是。

在学术论文中所列的参考文献，必须是在自己的论文写作时真正参考了的、且对自己的论文形成具有启示、借鉴意义的，否则，再有价值、再权威的资料也不能作为参考文献标出。这里常见的两种倾向值得注意：其一，在论文写作中并没有参考某些文献资料，但有些作者觉得这些文献或是价值较高，或是名人名作，或是影响较大等，于是便通通列入参考文献，想借此提高自己论著的价值或权威性。这是违背学术道德和文献标注规范要求的。其二，在论文写作中对某些文献参考较多，而且有许多为直接引用，为了避免抄袭、剿窃之嫌，于是将该标注的参考文献也被“隐”去了，这种做法是违背学术道德要求的。