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《南方水产科学》文稿应论点明确，数据可靠，语言精练，层次分明。学术栏目文稿需附300字以内的中（英）文摘要、3～5个关键词。文中一级标题序号为1，二级标题为1.1，三级标题为1.1.1，均靠左侧顶格书写。

《南方水产科学》请在文稿题名下写清作者及其工作单位名称、邮政编码；文后注明第一作者的出生年月、性别、学历、职称、主要从事工作以及具体通讯地址、联系电话、电子邮箱。

《南方水产科学》论文不超过6000字，综述不超过7000字，研究简报限4000字（含图、表等）。

本刊已全面实行网上投稿、审稿和退修，不再接受纸质投稿。作者进入本刊网站（http://www.schinafish.cn/）简单注册后即可进行网上投稿，稿件请用Word软件排版后上传。

文稿中外文字母及符号的大小写、正斜体、上下角字母、数字和易混淆的字母必须标注清楚。拉丁文生物学名的属、种名为斜体，定名人为正体，属名在文中首次出现时不能缩写。

文稿中插图一律随文档或以附件上传，图中文字、符号、数字标清楚，并注明图号、图题。图一律用黑白或灰度制作。表格一律排成三线表，由数据生成的图和表请一并附上源数据库。原图为照片的请扫描后发送（彩色照片的分辨率不低于150dpi）。

文稿中所用度量衡单位一律按国家技术监督局1993年12月27日发布的GB3100～3102-93号标准《量和单位》中规定的外文字母书写，不再使用以下括号内的汉字写法。如面积用km2（公里2）、hm2（公顷）、m2（米2）、cm2（厘米2）、mm2（毫米2），亩一律换算成公顷；体积用m3（米3）、cm3（厘米3）、mm3（毫米3）；容量用L（升）、mL（毫升）；时间用d（天）、h（时）、min(分)、s（秒）；表示浓度的ppm一律改用μL·L-1或mg·kg-1。组合单位中不能附加其他信息，例如光合速率（CO2）为27.5～31.3μmol·（m2·s）-1，不能写成光合速率为27.5~31.3μmolCO2·（m2·s）-1。

文后参考文献著录规则按照新的国家标准GB/T7714-2005执行。文中直接引用的公开发表的主要参考文献，以顺序编码制著录，即按文献在文中出现的先后顺序连续编码，在正文引用处加注上角标（如:……××[1-4]……××[5]），文后按引用顺序依次列出。