除了对欲投稿期刊早做决定之外，还要做好这个决定。如果选择了合适的期刊，就有机会让最适合的读者群阅读到论文，就能获得应有的同行认可，同时也省去了论文发表过程中种种不必要的麻烦。选择合适的投稿期刊非常重要；如果选择不当，那么论文会被耽搁许久才发表，或是得不到中肯的评审意见和及时的修改，以致埋没在不合适的期刊里。投稿期刊选择不当，就会遭遇下面三种情况的一种，不过哪种都不妙。
第一种情况，会收到期刊编辑部的退稿和一纸说明：“Your work is not suitble for this joumal．”(“您的论文不适合向本刊投稿。”)通常，这样的退稿意见和说明是期刊编辑部在评审论文完后做出的。等待几个星期甚至几个月后才得到这样的一个结果，实在是令人沮丧。
第二种情况，如果投稿的期刊与你的研究工作没有太多关系，该期刊的编辑和审稿人对你的专业研究领域知之甚少，他们对论文很可能会评价很低或有欠公正。所以，尽管论文可以达到被别家期刊录用的水准，但这家期刊还是很可能拒绝录用。如果这家期刊提出诸多修改意见，由于你并不认同这些建议而且这些建议根本不能改进论文，可能会同这家期刊的编辑和审稿人进行无休止的争辩。如果论文确实存在缺陷，由于向这家对你的专业研究不甚了解的期刊投稿，因此也错失了听取所属研究领域中的专家意见的良机。
第三种情况，论文虽然被接受并发表出来，但是问题随之出现，因为很快发现并没有多少人知道这篇论文，因为它是发表在真正的读者群并不涉猎的期刊里。在选择期刊的时候跟同事聊聊，多了解情况，可以帮助避免这种情况。
再来看看读者群的问题。如果所做的工作是有关物理学方面的基础研究，则应该尽量考虑将科技论文发表在国际知名的期刊—亡。如果研究的是一种只在拉丁美洲才有的热带疾病，即使论文发表在Nature上，恐怕合适的读者也不会看到。要让感兴趣的读者能够读到和使用自己的研究成果，应该考虑把这项研究工作用西班牙语发表在拉丁美洲的某份期刊上。
在选择合适的投稿期刊时，应回想一下哪些期刊曾经发表过类似的科技论文。那些发表了自己参考过的论文的期刊都是可供选择的投稿期刊。也可以请教同事，查看有无合适的期刊网站。要确信某个期刊是否值得投稿，可以翻阅该期刊或访问该期刊的网站，并阅读关于期刊性质和投稿范围的声明。还可以拜读—‘下该期刊最近几期的内容，或是确定上面发表的论文是否与自己的论文同属一个研究领域，看看上面发表的论文是不是自己打算撰写的那一类型。
知名度、可获取性和影响力
如果几份期刊看起来都很合适，那么最终应该把哪份期刊作为投稿时的首选期刊呢?选择哪一份期刊似乎都没什么关系，但事实上还是有所不同。期刊的知名度很重要。科技人员的职业发展(比如工作、晋升、奖金等)可能同已发表的论文数量有很大关系，但并不总是这样。在聘任委员会或基金评审委员会里很可能有一两位德高望重的资深人士，他们知道什么是高质量的论文，他们认为论文的质量胜过数量。一篇在“垃圾”期刊上发表的论文绝对不能同一篇发表在知名期刊上的论文相提并论。事实上，与考虑一位在二流期刊上有十多篇论文的候选人相比，这些资深的委员更倾向于考虑一位在知名期刊上有一两篇高质量论文的候选人。
区分知名期刊和非知名期刊并非易事。一般来说，科技人员可以通过书目检索对期刊的等级有个大概印象。如果知道自己所属的研究领域近年来发表的重要论文，可以进一步核实一下这些论文都是发表在哪些期刊上。如果自己所属研究领域中的重大发现都是发表在期刊A、期刊B和期刊C中，就可以认为这几份期刊是自己所属研究领域中的知名期刊。如果在核实后发现期刊D、期刊E和期刊F的征稿范围尽管包括自己所属的研究领域，但其上发表的都是些元足轻重的论文，就不应把这些期刊作为投稿的第一选择。
还要在期刊A、期刊B和期刊C中做出选择。假设期刊A是由某家商业出版社发行的新兴期刊，并非任何协会或组织主办；期刊B是一家老牌期刊，规模较小，由一家知名医院或博物馆发行；期刊C是由所属研究领域中主要科研协会发行的大规模期刊。一般情况下，期刊C的声望最高，发行量最大(因为其上发表的论文质量很高，也因为协会发表的期刊相比其他期刊的费用较低，至少对协会成员来讲费用较低)。如果论文发表在期刊C上，就最有可能对适合的科研团体或读者产生影响。期刊B的声望同期刊A相当，但缺点是发行量小。如果期刊B将大部分版面留给内部人员发表科技论文，那么其他科技人员的论文就很难被期刊B录用。期刊A的发行量一般都很低(由于赢利的目的，同时由于出版商没有得到其他科研协会或组织的协助与支持，因此期刊A的售价通常都较高)。论文发表在期刊A这样的地方，其发行量都比较有限。
投稿的时候要慎重选择新成立的期刊，特别是那些非科研协会主办的期刊。这种期刊的发行量很小，而且这种期刊在科学界建立知名度之前就有可能倒闭。科技人员也要慎重选择只以电子格式发行的期刊，除非确信日后的聘用委员会或晋升委员会认为电子期刊同其他印刷发行的期刊具有一样的声望。同时还要慎重选择那些只印刷发行的期刊，因为现在的科技人员都希望可以通过网络来获取重要的科技文献。
随着网络期刊的不断增加，在选择期刊投稿时还要考虑的一个问题就是，该期刊是否可免费获取(open access)，即读者是否可以免费从该期刊网站获取感兴趣的论文。这种期刊的运营费用，一部分是通过向作者征收出版费用来获得，剩余的很大部分是由基金组织赞助。如果作者(比如发展中国家的作者)不能支付论文的出版费用，那么该期刊可能会减免作者的出版费用。对于传统的印刷发行的期刊，要确定期刊是否会在印刷出版论文后几个月的时间里提供免费获取的电子论文。另外，在选择向传统期刊投稿时还要考虑，该期刊是否允许作者的个人网站或作者所在研究机构的网站在论文发表后很快张贴发表在该期刊的论文。
要估计某个科研领域中的期刊的声望，可以参见各个学术性图书馆里都会有的电子读物“期刊引用报告”(Jounal Citation Reports)，并据此判断哪些期刊经常会被引用。通常，人们根据每份期刊被引用的总次数和该期刊中平均每篇论文被引用的次数来判断期刊的被引用频率。这就是人们常说的影响力因子(如Impact Factor)(Garfield，1999)。影响力因子被认为是评估期刊重要性的主要尺度。比如在某个指定的科研领域，期刊A上的论文平均被引用的次数是期刊B上的论文平均被引用的两倍，那么就有理由认为期刊A比期刊B重要。在很多国家和科研机构，论文所在期刊的影响力因子是晋升委员会用于评估候选人的一个重要标准。
在选择投稿期刊的时候，其他的一些因素也值得考虑，其中一个就是出版速度。从论文录用到发表的时间长度(这个时间通常又称为发表延迟)同期刊的发行频率有直接关系。比如月刊的发表延迟通常比季刊的要短。假设各种期刊的审稿时间都一样，季刊的发表延迟比月刊要长2—3个月。大多数月刊从审稿到发表的时间大约是4—7个月，在季刊上发表就有可能要等待长达10个月。还要明确一点，很多期刊(不管是月刊、双月刊还是季刊)都有积压的论文等待发表。有时可以问问同事自己要投稿的那家期刊的情况，看看据同事的经验这家期刊需要多久才可能发表投稿的论文。有的期刊会在发表的论文上面注明论文被录用的时间。投稿人员就可以依此推算这家期刊的发表延迟。另外，现在很多期刊会在发行印刷版的论文前选在期刊网站上公布论文的电子版。所以可以确认一下想投稿的期刊是否会提前在网上发表论文；如果确实会在发行印刷版论文之前在网上发表，那么还要查证电子版的论文相比印刷版论文会提前多久发表。
在当今这个电子出版的年代，印刷出版的质量仍然非常重要。如果打算发表的论文里主要的论证材料是照片，就应该寻找一家印刷精良的期刊去投稿。在生物学领域，美国微生物协会(American Society for Microbiology)和洛克菲勒大学出版社(Rockefeller University Press)发行的期刊历来都有非常高的印刷质量。无论属于哪个领域，如果印刷质量对展示研究成果至关重要，那么务必要留意选择合适的期刊。
最后要考虑论文被录用的可能性。显然，并不是所有论文都有重大贡献和普遍意义而得以在Science和Nature这样的国际知名期刊上发表。大多数论文还是只适合在专业期刊上发表。即使在某个专业领域，有些论文的贡献比较突出，得以在本专业的一流期刊上发表；但很多论文却还只适合在本专业的其他期刊上发表。所以在选择投稿期刊的时候，如果论文在若干种期刊都有不错的录用机会，就要大胆尝试，选择这若干种期刊中最知名、最具影响力的一种去投稿。要找出在若干种期刊中最知名、最具影响力的一种，就要比较这些期刊并向同事征询意见。总之，要根据期刊的征稿范围、读者、声誉和录用比率等各种因素来正确选择合适的投稿期刊。这样不仅能避免论文发表中不必要的耽搁，同时还能保证论文被合适的读者群阅读和认可。
使用《作者须知》
在选择投稿期刊的时候，可能你已经查阅过一些期刊的《作者须知》。如果选择某个期刊作为投稿期刊，那么应该在开始撰写论文前查阅该期刊的《作者须知》。通常，《作者须知》会公布在期刊网站上，并且至少会在该期刊的每一期上出现一次。此外，网站mulford.meduohio.edu/instr为健康科学领域的作者提供了超过3500种生物医学期刊的《作者须知》。这个网站还包含了生物医学论文投稿的统一格式要求的一个链接(www.icmje.org)，很多期刊都遵循这个统一格式要求。
动手撰写论文前，仔细阅读欲投稿期刊的《作者须知》，从而找到以下问题的答案：
●该期刊是否发表过多种类别的论文?如果是，自己的投稿属于哪一类?
●该期刊上论文的允许长度是多少?摘要最多允许多少字?
●该期刊是否提供论文模板?如果提供，作者从哪里可以获取该模板?
●该期刊上的论文都包括哪些部分?各部分都有什么要求?
●该期刊对论文写作风格有什么特殊要求?
●该期刊允许论文中最多出现多少张图片和表格?对论文中出现的图片和表格，该期刊有无特殊要求?
●该期刊对参考文献的格式有什么要求?有无参考文献数目的限制?最多可引用多少种参考文献?
●该期刊对论文的电子格式有什么要求?图片和表格应该放置在文字中间，还是放在所有文字之后，还是用单独的文件来存放图片和表格?有无在线投稿系统?
标记《作者须知》中的重要事项或者摘录下来。在撰写论文的时候，如果对论文格式还有不确定的地方，可以再次查阅《作者须知》。注意，从一开始就遵守欲投稿期刊对投稿的要求，总体上将会节约论文作者的宝贵时间。
要仔细阅读欲投稿期刊近几期的论文。特别注意该期刊同其他期刊在论文编排方面的主要不同，比如怎样引用文献，如何设置各部分的标题和子标题，如何设计图片和表格，等等。
在投稿之前，再次参照《作者须知》以确认投稿符合该期刊的要求。如果该《作者须知》有备忘清单，可以据此检查论文。只要认真遵守了《作者须知》中的各种要求，那么从动手撰写论文那一刻开始就在推动自己的论文早日发表。
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