稿件一旦成功提交到杂志社，接下来就进入了审稿阶段。这个阶段时间比较漫长，通常情况下两个月左右会收到杂志社的审稿意见。若文章顺利接受，那么皆大欢喜；若稿件被拒，也不需要太灰心丧气，拒稿是科研工作者不可避免的事情，即使是顶级的学者，也会遇到过自己辛苦研究并撰写的稿件被杂志拒稿的情况。稿件被拒不用担心，更不用怕，关键是我们要从中学习到一些经验教训，或者找到科研上的不足之处。通过总结拒稿意见，对自己的实验设计进行改进，对文章的写作进行修改，这样才能够使文章的水平提升一个档次。笔者在长期的投稿过程中遇到过无数次拒稿情况，通过不断总结不同杂志的拒稿意见，有了一些经验心得，在这里与大家分享。以下是期刊拒稿的常见原因和分析：
原因一：投稿文章与所选期刊收录范围不匹配
英文生物医学期刊种类繁多，根据2013年汤森路透公布的数据可以看出，SCI杂志目前数量多达8411本，包括了生命科学和医学方面的各个方面。所以说选择一本恰当的期刊是一件十分困难的事情，但是这又是我们在论文发表过程中一个重要而不可避免的环节。
选择期刊应考虑的因素：论文主题是否在刊物征稿范围内？论文格式是否符合刊物要求？论文是否符合刊物的一贯口味？关于期刊的声望问题：期刊学术水平高其声望就高；反之声望则低。生物医学工作者都希望科研成果发表在有声望的高质量生物医学期刊上。选择期刊的方法：如果论文主题在一个很窄的分支学科内，那么选择范围只能限制在几种刊物；如果论文信息交叉了几个研究领域，则可有许多种选择。无论是哪种情况，先列出一个简单拟选期刊表，然后逐一对进行比较筛选，做出最后抉择。
笔者在投稿过程中，经常会发现临床医生想发表病例报告的情况，但不知道如何选择合适的期刊。诚然，现在很多医生在临床实践中会发现一些罕见病例，分析其临床资料并结合相关文献会写出病例报告，然后投稿到某杂志。需要明确的是，很多杂志现在不倾向于接受，或者根本就不接受病例报告，在这种情况下，投出去的稿件必然会被退回。很多论文甚至在进行同行评审前就被完全退稿处理，其原因是论文不适合期刊的读者群或不符合期刊的目标和范围。所以我们投稿之前，一定要花费时间阅读期刊的收录范围（aims & scope），甚至可以下载历年发表的一些文献进行研究，以此观察各个杂志的偏好。
从拒稿意见下划线部分文字可以得知，此稿件研究内容和投稿杂志收录范围不符，通常这种情况下稿件在一周左右的时间就会被杂志社退回。
在上述邮件内容中，包含了投稿文章的稿号、题目、投稿杂志以及主编对稿件的决定。然后主编再委婉地拒稿，认为投稿杂志“not suitable”，并鼓励作者继续投该杂志。下面是审稿人对投稿杂志的审稿意见：
通过这封邮件我们可以进一步了解到杂志拒稿的详细意见。主编指出所投稿件没有达到优先发表的要求（high priority），所以不能送外部审稿人审稿。具体来讲，杂志上感觉此研究虽然“interesting”，但是不太符合所投杂志的收录范围，因此建议作者投稿到更加符合研究内容的杂志。
从上面的例子，我们可以看出：一篇稿件首先会受由杂志社编辑或者主编的审查，倘若杂志社内部编辑认为稿件符合杂志社的收录要求，并且达到一定的水平，下一步他们会将稿件送外部审稿人对文章进行深度评审；倘若稿件不能够送外审，那么文章就不会有太多的拒稿意见。
原因二：文章缺乏原创性、创新性或重要性
具体表现为：结果无概括性，无明确的研究结论；重复前人研究结果，未补充充实的专业知识和研究内容；结果无临床、理论或实际意义；与以往研究结果不一致，并且没有充足的证据来支撑得出的结论等。许多作者都喜欢引述“以前从未被研究过”（novel，the first time）作为解释其论文具有重要价值的原因。这样做不是很好；研究需要放在更广阔的背景中。作者应提供研究具有重要性的具体原因，例如：研究可影响某项具体的医疗措施，可影响特定的政策讨论，或者可以改变传统的理论或观点。
对于影响因子大于5分的杂志，要求实验充分，数据确凿，统计方法合理。如果不能达到这些要求，杂志会毫不犹豫地拒稿。
原因三：实验设计存在较大缺陷
一个文章能否顺利发表除了考虑其创新性外，还取决于严谨科学的课题设计。无论是临床试验或者基础研究，在研究开始前一定要重视设计问
题。笔者在审阅大量的文章中发现并总结了很多容易忽略的设计问题，具体表现为回答研究问题的方法设计不当；所选方法无效或不可靠；选择与研究问题不符的不正确方法或模型；所选仪器不当或不达标等。
即使写得再好的论文也不能掩盖研究设计中的缺陷，而防止这种缺陷的最好方法是仔细进行文献查阅，以确定适合研究的最好方法和做法。
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