一篇好的学术论文，应该拥有一个理想的组织形式即比较合理的结构，否则再好的材料也会杂乱无章，难以发挥应有的作用，再好的论题也会被淹没，难以得到充分有力的证明。
一、顾此失彼，结构失衡
论文的结构失衡有内外两种表现。内在表现是指有的人理论功底不深，没有掌握辩证思维的方法，往往会犯片面性的错误，强调一方面而忽略了另一方面。比如要肯定某一事物，所举都是正面材料，没有任何不足;要否定某一事物，所举都是反面材料，没有一个优点。观点片面了，选用材料就会片面，材料片面了，思路就不会严谨周密，进而导致论文的内在结构层次失衡，有悖常理。
外在表现是指有的论文没有根据论题的需要，合理、均衡地确定各部分的篇幅比例，该详细论述的却一笔带过，该简略提及的却过于冗长;或对主要论点的论证惜墨如金，对次要论点则不厌其烦，随意性很大，从文面上看，也很不匀称美观。
二、逻辑混乱，脉络不清
有的论文逻辑关系混乱，以致出现层次不清、次序颠倒、内容庞杂、头绪纷纭、条理紊乱等问题。事物之间有各种不同的关系，反映这种关系的材料之间也有各种不同的关系，如因果关系、并列关系、递进关系、总分关系、主次关系等。理清了这些关系，并在结构中体现出来，才算顺理成章。
三、层次段落划分不当，表意不清
有些论文在层次划分上不够恰当、相称，主要表现为：一是各层次外延之和大于或小于论文内容;二是层次划分有越位现象，互相包容、交叉或重合;三是没有用同一标准划分层次。如有篇论文共分五层，前三层是从纵的角度划分，各层之间有递进关系，后两层则是从横的即间题性质的角度划分.不是同一标准，显然不恰当。
学术论文是逻辑的构成，因此其段落划分不同于文学作品，应该遵循统一、完整的原则。论文在段落划分方面常见的毛病：一是段落零散。有的人写文章喜欢多分段，不管行文是否需要，都是三、五行一段，以为这样便于人们阅读和理解，因而导致论文分段零碎，形式上缺乏单一性，内容上缺乏完整性。
二是分段过长。有的论文该分段不分段，甚至一段到底，或一连几页不分段，从而将那些具有相对独立意思、不应该写在一起的内容硬挤在一段里。这样不但影响人们的迅速理解，而且读起来比较累。
三是意思割裂。有的人由于思维混乱，或者对某一问题的认识比较模糊，或者对论文的观点或材料把握不住，常常不将一个相对独立完整的观点集中在一个段落中说完，而是这一段说一点，那一段又说一点，结果哪一段也没有说清楚。
四是段落间缺乏过渡和照应。有的人写作时只知道按照自己的思路走，不注意段落间的联系、起承转合和前后照应，结果造成结构上的脱落散乱，或意思不够连贯通畅，或过渡牵强，或照应欠妥，或衔接不够紧密等。
四、开头空洞，结尾草率
论文的开头有一些荃本的规范要求，也有常见的若干类型。但有的作者没有这个意识，怎么写的都有，写了一些与论题没有多大关系甚至无用的话，没有很好地起到导引本论的作用，没有概述自己的研究课题，没有说清论文的要害所在，因而内容空泛、文不对题;或者说些感谢的话，发表些不着边际的感想，像散文而不是论文，等等。
有的人对论文的结尾更不重视，主要表现为四种情况：一是虎头蛇尾，三言两语便草率结束。二是画蛇添足，拉杂重复。三是应该有结尾段的没有结尾段，使自己的研究成果或结论不能完整、准确地表达出来。四是在结尾处写上几点老生常谈的体会，而不是把自己的观点加以重申和强调。其实论文的结尾非常重要，它就像全文的缩影，或者从理论高度对论文的观点再度升华，或者对论题做再一次的强调和突出，或者对该选题的研究做进一步的展望等，对论文的质量有直接的影响，所以要认真对待。
五、思路简单，结构单调
有的作者的研究思路不够开阔，思维方法简单，行文平铺直叙，没有任何起伏和波澜。主要有两种表现：一是论证方法单调。有的论文通篇下来，只采用一种论证方法。二是结构单调呆板，缺乏创造性。很多论文的结构样式是三段式：现状(间题)—原因—对策，千篇一律，读来枯燥乏味。要克服这种毛病，除了要掌握和灵活交叉地运用各种论证方法外，还要注意结构要为观点服务，一旦论文的观点发生了变化，结构自然也要进行相应的修改和调整。即使观点没有变化，为了更有力地突出和表现观点，也需要不断地对结构进行优化或完善。
六、结构残缺，不够周严
论文的篇幅无论长短，在结构上都应该做到完整和谐、周密严谨。但有的人思维不够填密，写作时往往顾此失彼，遗漏一些重要的内容或环节，导致结构残缺。如有篇题为《关于我省农村干群关系的调查与思考》的论文，在归纳了农村干群关系中存在的种种问题后，就直接提出了解决这些问题的建议，中间没有对产生问题的原因进行分析，明显缺少一个层次。提出间题—分析问题—解决问题，是认识客观事物的一般规律，也是人们通常的思维习惯，缺少一个环节，思路出现中断，在论文中就会导致结构残缺，那么提出的建议就失去了针对性，论文的深度要大打折扣。
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