在引用文献时，句子中可以直接提及第一作者名字或干脆不提及。前者如“Li et al. found that....”, 这种格式强调具体作者或课题组在某方面的特别贡献。大多数情况下，引用句子中忽略作者名字，其好处是句子间衔接紧密、流畅。不管何种表达方式，均要避免原文照搬，犯抄袭错误。正确的做法是将原文事实或观点使用自己的语言，不加歪曲或夸张地表达出来。需再次强调，应引用他人的观点和发现，而不是原话。但也有例外情况，如果强调原文或没有其它更好的词汇反映原文思想，而不得不照搬原文时，要用双引号将原文标示出来，并在括号内给出第一作者名字，出版年份等信息。根据杂志的要求，也可以通过改变字体或行距等将引用的原文与文章中其它部分区分开来。
理论上，论文后面应该列出所有的参考文献，但事实上行不通。相信杂志很难接受一篇有多达80个参考文献但只有3页的原著。我们要体谅杂志的苦衷。应该根据杂志对原著论文参考文献数目的要求，选择性的列出那些最相关的、最重要的参考文献。比如同一观点有多个文献可用，应从中挑出一个提出论点时间较早的、收集的论据相对充分的、以及最贴近和支持你本人观点的文献加以引用。选用文献不要过于看重文献作者的名气和期刊杂志的影响因子等外在因素。
（1）如果有文献来自于要投寄的杂志，尤其刚发表的文章，可为新的期刊影响因子做贡献的，投杂志所好选用该文献是个不错的选择；
（2）投稿后审稿人推荐的文献应尽可能的引用，因为审稿人往往推荐自己的文章或很贴切的文献。
此外，文献过多时应适当筛选，文献过少也应该注意。文献条目太少可能是由于研究方向过于偏僻导致的，但更多的是因为作者写作的问题，尤其是前言部分，对背景信息介绍的简单粗暴，无足够的文献支持，这会让审稿人和杂志编辑难以理解研究的理论基础、目的和意义。为避免给人以背景知识欠缺的印象，文献条目要有一定的数量，比如至少达到文献限定数量的二分之一。
近二十余年来出现的层出不穷的电子文献检索系统极大的改善了科研活动和质量。从以前的需要到图书馆根据医学索引等检索工具费事费力查询文献，到现在只需电脑键盘轻轻一按，数十数百条文献瞬时呈现出来。快捷，全面，难有漏网之鱼。有时信息量太大，还需要花点时间剔除不重要或垃圾信息。同以前的手工检索一样，电子检索系统给出的文献取决于使用的数据库和输入的关键词。关键词不同，得出的检索结果有很大的差异。再者，不同的检索工具使用不同的数据库，其覆盖的学科杂志侧重点有所不同。因此，对学科的足够了解和一定的检索技巧是必须的。有时需要结合几种检索工具和不同的关键词组合才能找到真正需要的文献。
常用的生物医学类数据库有MEDLINE和Embase等。前者由美国国立医学图书馆建立，为世界上最大的生物医学文献数据库；后者由欧洲学术出版商Elsevier Science建立。MEDLINE可通过PubMed和OvidSP界面搜索, 通过OvidSP界面也可访问Embase。在目前众多的搜索界面中，最简便的当属Google Scholar，不但能直接知道是否能下载PDF全文，且能了解每篇文章的被引用情况。
从事科研工作多年，甚至3年研究生读下来，你会发现手头积累了一堆文献资料。如果不加整理，从中找出想要的某篇文献是件很头痛的事。本人以前也尝试过不同的老办法，如每篇文献依次编号、按作者名字排队、以研究方向分类等都有始无终，不能令人满意，每每为找篇文献花费不少时间。目前市面上出现不少文献管理软件，其中两个公认的常用的是EndNote和Reference Manager，均出自Thomson Reuters。如果有条件，实验室应人手配备一个。注意选用的文献管理软件要与你的文字处理系统兼容，以便文中随意插入文献后，论文后面的文献条目中自动生成该引用文献。当前，文献管理软件已与统计软件和制图软件一样，对科学研究非常重要。文献管理软件具有文献搜索、输入、储存、编辑、整理、分类、注释、以及最重要的将选定的文献插入Word文本并在文本最后自动生成文献目录等功能。
使用文献管理软件优势
（1）不用手工输入，节省大量时间；
（5）论文需要增加或删除一些文献时，文后的文献目录将自动调整；
（6）根据选定的期刊杂志，输出相应的参考文献格式，这在投寄的论文被杂志拒绝后，须调整文献格式投寄另外一个杂志时非常有用。
像EndNote使用起来虽然简便快捷，但有时也会带来苦恼，甚至出现致命的错误。使用该软件搜索文献，如一个作者一年发表几篇文章，而根据作者名字和发表年份搜索某篇文章的话，会出现几篇文献，甚至出现同名同姓其他人在该年份的文章。这种情况下，须保留需要的那篇文献并撤除其它不相关的文章。有时同一篇文章因搜索自不同的文献资料库而在文献管理软件里出现数个拷贝，多余的拷贝也需要撤除。而根据关键词搜索，更容易输入大量的垃圾文献。因此，对文献管理软件的文献加以甄选和整理是重要的。否则的话，它就变成了垃圾站，会导致论文参考文献目录的错误百出。比如论文文献条目里常见文献重复，就是与文献管理软件里一篇文章有一个以上拷贝有关。此外，使用文献管理软件最常见的问题是，选定了期刊，但给出的文献格式并不符合期刊杂志的要求。出现这种情况，可以先找出其它期刊给出的格式与实际需要的格式较贴近的，待输出格式后稍加手工操作。有时也会出现文中的文献顺序与后面参考文献条目顺序不匹配。尽管很少见，但不是没有可能。这可能与文章反复修改调整和增撤文献造成软件管理混乱有关联。有时会出现致命情况，实在无法修复，不得不撤除所有文献，重头再来。总之，使用文献管理软件，并不是100%放心交给它管理，适当的核查和把关是必须的。如果你对文献非常熟悉，胸有成竹，不妨先写作，待稿件成熟后，再添加文献，这样可以减少一些问题。
引用文献的一个易犯的通病是，根据其它文献的引用而引用，而非直接阅读原文。这样做不是不可以，但比较危险，原因之一是容易造成原文的思想失真。因此应严格要求自己，每篇引文做到阅读全文。Open access期刊和收录入PubMed Central的论文均可免费索取全文。常用的免费论文资料检索库包括Public Library of Science (PLOS)，BioMed Central，PubMed Central，Directory of Open Access Journal和HighWire Press等。电子期刊论文全文能否免费获取还取决于自己单位的图书馆的杂志订阅情况。如果图书馆没有订阅，只能通过其它渠道获取免费全文。可以尝试到期刊杂志网站，作者网页和不同的免费搜索引擎如Google Scholar上碰碰运气。也可借助国外的同学同行，Interlibrary Loan以及BBS类学术论坛寻求帮助。如果知道论文通讯作者的email，可直接写信索取，信中请扼要介绍自己及研究方向，绝大多数作者非常乐意你阅读他们的论文而很快寄出论文PDF文件。合适的话，在你的论文中引用该文，以示感谢。
参考文献包括一些基本信息，如作者名字、发表年份、期刊名字、页码等。不同的期刊杂志有一套自己的参考文献格式。生物医学类期刊杂志常见的文献格式有两种，即Vancouver和Harvard格式，每一种又演变许多不同的格式。Vancouver格式使用连续的阿拉伯数字编排文献并在文中将文献条目数字用或不用圆括号或方括号括标示出来。比如文中格式：… was determined as previously described (8)；文献目录格式：8. Madonna G, Ullman CD, Gentilcore G, Palmieri G, Ascierto PA. NF-κB as potential target in the treatment of melanoma. J Transl Med 2012; 10:53. PubMed 使用的格式即是Vancouver格式。Harvard格式又称为作者与日期格式。顾名思义，在文中提及文献作者名字和发表年份并用括号括起来。比如文中格式：It was reported that …. (Madonna et al., 2012). 文献目录格式：Madonna G, Ullman CD, Gentilcore G, Palmieri G, Ascierto PA. 2012. NF-κB as potential target in the treatment of melanoma. J Transl Med 10:53. 由于文献格式的多样性，稿件采用何种格式务必参照具体杂志的投稿指南。
（1）手头要有全文，并阅读过，以保证引用的观点或数据忠实原文，没有歪曲或理解错误；
参考文献在学术论文中有极其重要的作用，不应被忽视。论文中引用文献除用于肯定他人的研究成果等目的外，也间接衡量一篇论文的学术质量。参考文献的总体水平与论文本身的学术水平大致是一致的。引用的文献应是那些与本文研究具有密切关系的，具有学术价值的他人成果。引用文献应先“阅”再“引”，要忠于原文的思想，不可断章取义或把自己的想法强加到文献。投稿前，还应核查、确保文献格式正确。认真对待参考文献，你会发现你很快对你研究的领域有一个深刻的、独特性的理解并形成权威性的观点。
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