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首先，参考文献和注释的来源不同。在我们的论文写作中，注释一般分为两种，一种是内容解释，主要是对论文中的难点内容加以详细的解释，以让读者更加知悉作者的写作意图，另一种是来源解释，主要表明该内容的来源，在文中此内容为引用内容。参考文献的来源主要是相关的论文、专著以及出版物等。

其次，参考文献和注释的分类也有很大的差异。注释的分类比较详细，包含的内容比较多，不限于时间地点人物背景出处等，一般采用的是脚注或者夹注等形式。参考文献的分类主要包括期刊、专著、报纸以及学术论文等。

最后，参考文献和注释的概念定义不同。参考文献主要指的是在论文的写作过程中，对其他相关论文或者学术期刊的引用或者借鉴，一般引用的参考文献都会出现在最后的参考文献目录中。注释主要是对论文的内容、背景等作解释的文字，不是引用其他的相关论文，其目的在于让读者能够更加的了解论文的内容。